Федеральное бюджетное учреждение «Научно-технический центр «Энергобезопасность» учреждено приказом Министерства топлива и энергетики Российской Федерации от 15 июля 1997 г . № 203 (с изменениями, внесенными приказом Минтопэнерго России от 20 октября 1997 г . № 298), в соответствии с которым именовалось «Научно-технический центр надзора за плотинами и энергосооружениями» (НТЦ Энергонадзора Минтопэнерго России).

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 29 декабря 2004 г . № 1725-р «НТЦ Энергонадзора» было передано в ведение вновь созданной Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзор) приказом которой от 11 марта 2005 г . № 143 (в редакции Приказа Ростехнадзора от 01.08.2007 № 533) организация была переименована в Федеральное государственное учреждение «Научно-технический центр «Безопасность гидротехнических сооружений» (ФГУ «НТЦ «Гидротехбезопасность»).

Следующим приказом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору от 8 августа 2006 г . № 748 (в редакции Приказа Ростехнадзора от 01.08.2007 № 542) Учреждение получило свое сегодняшнее наименование – Федеральное государственное учреждение «Научно-технический центр «Энергобезопасность» (ФГУ «НТЦ «Энергобезопасность»). С 20 января 2011 года, в рамках реализации Федерального закона от 08.05.2010 г. № 83-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных) учреждений»,  приказом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору от 20 января 2011 года № 21 организация была переименована в Федеральное бюджетное учреждение «Научно-технический центр «Энергобезопасность».

Функции учредителя ФБУ «НТЦ «Энергобезопасность» осуществляет Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору Российской Федерации.